法约尔的著作中存在一些可能招致误解的矛盾观。尽管他要求企业员工要有明确的等级差别，而又明确指出：“管理既不是一个独有的特权，也不是企业经理或企业领导人的特殊责任，它是一种分配于领导人与整个组织成员之间的职能。”一方面，他认为管理是一门普遍的学科，使用于所有的部门；另一方面，作为一个实践者，他相信：“在管理事务中，
没有绝对的方法存在，我们很少在相同的情况下重复应用相同的方法，情况改变了，我们对事物的考虑方式也要改变。”人们对法约尔著作的兴趣之一来自于法约尔自身好像也没有完全搞清他是一个理论万能论者，还是一个实用论者，是一个现实组织的编纂者，或是一个解释者。
法约尔的管理原则，内容相当庞杂，但是绝大部分内容是与组织有关的。因此，就这一点来说，他的管理原则基本上是属于组织原则。在十四条原则中，统一指挥，即命令的统一和组织层次以及并列层次的沟通，即所谓的“跳板原则”，又是作为指导实际管理行动和判断管理组织是否合理的重要标准，但是，我们可以看出，法约尔的组织理论，只是考察了组织的内在因素，而忽视了组织同它周围环境的关系，是个极大的缺陷。
法约尔一般管理理论的主要不足是他的管理原则过于僵硬，以致于有时实际管理工作者无法遵守。以统一指挥原则为例，法约尔认为，不论什么工作，一个下属只能接受惟一的一个上级的命令，并把这一原则当成一条定律。这和劳动分工原则可能发生矛盾。因为劳动分工原则，应将各种工作按专业化进行分工，才有助于提高效率。当某一层次的管理人员制定决策的时候，他就要考虑来自各个专业部门的意见和指示，但这是统一原则所不允许的。例如，某一分厂的会计人员，在组织上隶属于这个分厂，按照统一指挥原则，总厂财务部门必然无法指挥分厂的会计人员。同样，一个地区的政府的各个职能部门，由于隶属于地区政府，如果上级职能部门内遵守统一指挥原则，也必然无法对地区职能部门进行指挥。
;法约尔没有研究绩效评价问题，也没有提出如何进行绩效评价的方法和程序。他对人事职能的看法与泰罗的看法一样都是有局限的；然而，这并不是一种批评，因为当时在人事方面的一些做法不管在哪方面都还是很初始的。
法约尔过于强调管理，甚至认为数学用途不大。但是数学工具的应用，出现了通过更复杂的统计和数学工具、用更正确和经济的不同方法分配稀缺资源的观点。在计算机化的控制论时代建模和模拟盛行起来。管理科学弥补了管理的不精确性，并通过计划评审法、运筹学技术丰富了计划活动。计算机技术的进步还使得计算机辅助设计、计算机辅助生产以及计算机集成制造成为可能。由此，计划从一种高度直觉化的、以命令为中心的概念，演进为因现代技术、复杂的辅助手段以及在一个更为广阔的系统中对人——机关系有了更广泛理解后丰富起来的活动。展望未来，可以肯定的是，努力组织起来的计划职能的重要性不会削弱。面临挑战将是把积累起来的计划职能的知识与财富以及复杂的计划辅助手段用于解决各种各样的问题。这些知识和手段可以用来更为有效地利用物质资源以满足人们的需求。它们有助于处理组织与组织之间、经济的公有成分与私有成分之间、甚至是跨越国界的复杂的相互作用。大量的社会问题需要进行系统的分析与设计。计划职能的本质将来不会有显著的变化，但它将像过去一样随着我们对应付未来不确定性的理论和方法的更多了解而继续演变。
在科学管理时代，人们著书立说大量论述结构和协调问题，并对工厂提供专业化建议。泰罗提出了他的很少被采用的职能工长制，法约尔发展了组织原则。在现代，人们在组织活动中需要某些结构的观念得到了加强，但还没有严重到影响职工自我实现的程度。结果是减少了对等级制度的崇拜，认识到了人们在组织中要求权力均等的愿望，以及心理健康在促进人的成长与发展中的作用。为了减少中层管理，组织进一步扁平化了。可以预见，管理层次更少的扁平化组织发展的倾向仍将继续，企业会维持
精干的人员和简洁的结构，在强调
竞争力和生产率的情况下更是如此。
管理基础在于经济地分配和利用人力及物质资源，以便实现组织的目标。然而管理不仅仅是一项经济活动，它是必须把多种资源在其经济、社会和政治环境中恰当地组织起来的一种理性职能。法约尔没有研究管理的环境问题。管理根植于经济问题之中，从本质上来讲，管理是一种广义的经济研究，它涉及到用一种约定的方式生产和分配经济价值，但管理的范围并不限于经济，其活动同时又受社会价值的影响，管理模式的基本投入是人，而产出则用于满足人的需求与愿望。管理人员无论是内在还是外在都受占统治地位的社会价值的影响，管理活动同人际关系假设不可分割地交织在一起。在管理决策中，政治环境是及其重要的，在未来一段时间内，贸易和关税政策、对外政策、防务开支、产品管制、反托拉斯法、劳动就业、污染控制、城市问题等将继续塑造着工商业的目标。
法约尔认为，“只有在非常大的工厂里才有荣誉满足，可以说几乎只是在国家部门里才有。”但今天，荣誉激励已成为现在公司治理的主要激励机制之一。
法约尔针对当时的学校缺少管理教育而偏重于高等数学的现象，提出“高等数学对管理企业是没有用的”。但现代科学技术的发展使数学在管理中的运用更加广泛。在泰罗科学管理基础上发展而来的管理科学理论对管理者的数学知识要求很高。管理科学理论以系统的观点运用数学、统计学的方法以及电子计算机技术等方法，为现代管理的决策提供科学依据，通过计划和控制解决各项生产与经营中的问题。运筹学、系统分析、决策科学、数学模型等都是要求管理者有严密的逻辑思维和对数学知识的运用能力。如果没有相当的高等数学基础，就不可能适应现代管理发展的要求。
对管理者素质的要求，法约尔在其著作中格外重视，但现在已经进入知识经济时代，知识管理处于二十一世纪组织管理的重要地位。法约尔对领导者的素质要求已难以适应现代管理发展的需要，管理者除了
必须具备法约尔所提出的基本素质之外，还必须具有较强的沟通能力、团队管理能力、驾驭新技术能力、良好的社交技能、善用知识人才的能力等，以及具有远见卓识和改革创新能力。
可能与法约尔过分强调管理理论有关，他重视管理理论研究而忽视管理方法研究，在严密地运用科学方法方面比科学管理有所不足，尤其是实证方法研究。其原则多是从经验、常识和各种信息中推导出来的，其假设条件在于有足够的数据是相似的。但现实中，常常会出现遵循一个原则将会违反另一个原则。例如，他对大型企业技术职能人员必要能力的相对重要性的比较具有一定的深度，而对管理能力必要性的研究却没有相应的实证方法，只凭工作经验主观地对能力制定百分比，从而使必要能力相对重要性的可信度减弱。尤其是法约尔与泰罗都忽视了社会和心理方面的因素，这导致了行为主义管理学派的兴起。因此，我们在吸收法约尔对管理人员必要能力相对重要性研究成果的同时，还需要在研究方法上进行创新。
法约尔在其著作中提出“控制幅度”的概念，认为从上到下形成的是金字塔状的结构。虽然他说的是上下级之间的越级问题，越级不利。却恰恰也说明了领导行为与目标是间接的。他认为，每一名高级经理人员通常拥有四、五名直接下属。“组织管理幅度”理论，倾向于一个固定的、稳定的和封闭的系统。现代企业家则更重视人才组织与制度的可变性质，认为面临快速变化的市场，企业有效的人才组织与制度创新，更加需要与环境变化的分化程度与环境变量相匹配，否则将不利人才发展。
直线职能参谋制组织形式最早起源于法约尔的管理理论，这种组织形式的优点表现在：由于按职能划分部门，其职责容易明确规定；每一管理者都固定的归属于一个职能结构，专门从事某一职能工作，部门之间的联系长期不变，组织系统的稳定性较高；专业化分工有利于管理人员注重并熟练掌握本职工作技能，有利于强化专业管理，提高工作效率；管理权力高度集中，便于最高领导层对
整个企业实施严格控制。但其缺点也非常明显：高度的专业化分工以及稳定性使各职能部门的眼界比较狭窄，往往片面强调本部门的重要性、利益和工作效率，容易产生本位主义、分散主义，造成许多磨擦和内耗，因而部门之间的横向协调性较差；高度专业化分工妨碍部门之间的信息沟通，高层决策在执行过程中也往往被狭隘的部门利益所曲解，或受阻于部门之间的隔阂而难以贯彻，因而组织形态对外部环境变化的适应性较差；部门之间的协调任务需要高层领导来完成，经营决策权也集中在高层，使企业高层领导的负担过重，很容易陷入烦琐的日常事务之中，而无暇顾及生产经营的重大问题；部门的分化使主管人员的知识、技能与经验受到限制，易于形成只注重部门工作与目标的思维方式与行为习惯，不利于培养素质全面、能经营整个企业的管理人才。法约尔用于设计职能制组织的模型是他所经营的煤矿公司。当时该公司规模不大，员工除了少数工程师外，其余都是从事体力劳动者。煤矿公司只有一种产品，煤矿除了简单的洗煤和选煤以外，无需其他处理。至少在那个时候，公司只有三个市场：钢铁厂、发电厂与住户。在法约尔时代，采煤的技术虽然变革得相当快——当法约尔开始工作时，炸药还未开始应用，而当他退休时，大家已经在使用机械截煤机了——但采煤过程本身却没有完全改变，从煤矿中所能获取的唯一的东西就是煤，创新的余地并不大。法约尔的公司很适合职能制设计原则，而在其他更为复杂、更为动态或更为事业性的企业，肯定会更重视各种能出成果的能力，而这正是职能制原则所缺乏的。正如杜拉克所揭示的： “如果职能结构在使用中超出法约尔模式的界限，职能机构就会在时间和精力上付出巨额代价。”因此，对那些在规模、复杂性、创新范围方面超过法约尔模型的企业来说，其组织结构和高层管理设计也更加需要不同的设计原则。
法约尔虽然是从总经理的位置上研究管理理论，也重视十年计划，但仍然明显缺少战略思维。现代企业与法约尔时代的企
业已有巨大差别，市场竞争更加激烈，员工对企业依存度日渐降低，企业规模化经营主要依靠虚拟化和集团化发展，战略管理或高层管理者的全局性谋划尤为重要。在这一意义上来说，我们需要重新认识法约尔，一方面要看到法约尔的一般管理理论对二十一世纪的现代组织发展与管理具有重要的指导意义，另一方面要明确战略管理被推到比组织的其他任何管理都更为重要的空前位置。
在对组织的因素进行讨论时，法约尔虽然要比泰罗深入和详尽一些，比如他就考虑过组织的社会性问题，而泰罗仅仅考虑纯粹的管理问题，但是，法约尔并没有将他刚刚抓住的社会因素应用于组织的分析，而在他那里仍然是抽象的。正因为这样，当他分析组织结构时，还是就组织本身谈论组织，而没有将一个现实的组织放到社会的大背景下进行分析。法约尔没有提出组织的社会环境概念。事实上，任何组织都不是孤立的，缺乏物质的、技术的因素和手段，组织就无法存在，也无法正常运行。但是，一个现实的组织总有其外部环境，组织管理的重要任务则是要保持组织自身与外部环境的平衡。
法约尔一方面认为正常的组织形态应当是线性的，另一方面他又认为，在正常的组织中应该设立参谋组织，而参谋组织是非线性组织。这样，在法约尔的组织理论中就出现了有关线性组织与参谋组织的关系问题。
法约尔时代距今已有近一个世纪了，近百年来人类社会发生了巨大的变化，尤其是科学技术的飞速发展对组织产生了直接的影响。因此法约尔管理理论的上述局限应该是可以理解的，但是需要强调的是，尽管法约尔理论在今天看来还存在这这样或那样的缺陷，但丝毫不会影响其理论的光芒。
管理思想既是文化环境的产物，又是文化环境的过程。它依赖于文化模式、道德水平和社会制度的变迁而不断向前发展。只有站在这个高度，才能真正领悟法约尔一般管理理论中所蕴藏的精神实质。