所谓困扰性手机病毒，虽然也不会手机实体或运作上的破坏或中止，但却造成手机使用上的困扰，甚至进一步阻止手机软体的更新。
．收发垃圾简讯：许多手机病毒是运用大量垃圾简讯来攻击手机，虽然不见得垃圾简讯都具有危险性，但是却耗费收信者的宝贵时间，并徒增许多困扰，更何况垃圾简讯很有可能潜藏病毒。一旦中毒，使用者也可能在不知情的状况下沦为垃圾简讯发送的僵尸或帮凶。例如武士蠕虫会依受害者手机中的通录讯来发送藏有病毒的简讯。
．阻止手机任何更新与下载：例如Fontal木马，透过破坏手机系统中的程式管理器，阻止使用者下载新的应用程式或其他更新，并且还会阻止手机删除病毒。
．应用程式无法运作：例如骷髅头木马会造成手机档案系统或应用程式无法运作，使用者必须重新开机。
．消耗手机电量：例如食人鱼（Cabir）蠕虫，透过不断搜寻其他蓝芽装置，进而耗尽手机电量。
．阻断蓝芽通讯：阻断手机与任何蓝芽装置，如耳机、印表机，或其他蓝芽手机的通讯与连接。
．中断简讯业务之运作：骇客对MMS伺服器展开DDoS攻击，进而导致简讯业务无法正常运作。赛门铁克表示，如今十分流行的黑莓手机（Blackberry），即曾发生过伺服器遭攻击，进而导致使用者长达3小时无法正常收信的情形。