蘑菇栽培中的杂菌主要有绿色木霉、曲牢等，是制种及熟料消费中最为罕见的杂菌之一。该类霉菌性喜高温、湿润环境。预防可用“百病去无踪”彻底对菇棚停止消杀处置。发菌及出菇时期每5天左右喷洒一次杀菌药物，消费中可将“百病去无踪”和“蘑菇杀病灵”交替运用。
对曾经发作污染的菇棚，翻开全部通风口及进出口增强通风，同时喷洒“百病去无踪”，然后再处置污染菌袋。对斑点性污染，采取100倍“消霉王”溶液注射杀灭措施，如杂菌孢子系从基料内萌生则提高浓度至50倍左右，并深插针头，使药液自外向外渗出，杀灭效果可达100％，对斑块性污染亦可采取注射药物的方法，但应加大药量。溶液注射杀灭应留意，针头拔出点应在污染点的偏上方，斜向拔出并注射后，使污染点处接近空中。连片性污染难以注射药物时，可将污染处塑膜切开十字口，掀开塑膜，涂刷药液，这只顺应基料外表萌生的杂菌，并须早发现。否则，可直接撒药粉，然后将塑膜归位，其杀灭效果良好。对菌袋50％左左面积的污染，可视状况灵敏处置，如食用菌苗丝已发至大半以上，即基料曾经被菌丝相连，可去除塑袋，对配150倍“消霉王”溶液予以浸洗菌柱，然后掩盖塑膜予以发菌培育；如污染发作侧重、食用菌菌丝数量较少，可对菌袋纵向切开3至5条口，松动塑膜后浸洗，时间稍长一些，然后静置发菌。
若是大面积发作污染、污染时间超越15天、污染菌袋占到70％左右时，则该批菌袋简直无保管价值，将菌袋全部清算出棚后，有两个处置方法:①搭设遮阳棚，停止正常的消杀处置后，将未污染或污染较轻的菌袋停止药物处置，置于遮阳棚下发菌培育，将失掉培育价值的直接沤肥；②将污染袋停止倒料，趁晴好天气，按干料重的 2％参与石灰粉，拌匀后予以晒干，作为熟料栽培或发酵料栽培原料。清棚后，彻底清算卫生，距离2天延续喷洒2遍“百病去无踪”，并揭掉草苫等掩盖物，封锁一切通风孔及进出口，予以闷棚处置，经2天左右高温闷棚，即可到达
较理想的杂菌杀灭效果，然后即可重新进袋培育。