从结构上来说，酵母菌是真核细胞构成的真核生物，而乳酸菌是原核细胞构成的原核生物。真核细胞内的遗传物质被核膜包围起来形成细胞核，而原核细胞内的遗传物质则没有核膜包围，也就是不形成细胞核。所以二者的主要区别就在于有无核膜，或者说有无细胞核。
从生存条件上来说，酵母菌既能在有氧气的条件下生存，也能在无氧气的条件下生存并产生酒精；而乳酸菌则只能在无氧气的条件下才能生活，并产生乳酸。
两者的用途也有区别，酵母菌的用途：
1、酿造啤酒的酵母；
2、医药上将其制成酵母片如食母生片，用于治疗不合理饮食引起的消化不良；
3、酵母中还含有很强的抗氧化剂，能保护肝脏，有一定的解毒作用；
4、在发酵过程中，面团经历了一系列复杂的生化反应，形成了面包制品独特的发酵香味；
乳酸菌的用途：
1、发酵乳制品加工；
2、用于果蔬及谷物制品加工；
3、制作优质青贮饲料；
4、生产乳酸。
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